Strategi Skrining Massal Covid-19:  Jurus Sains  Epidemiologi-Molekuler

Oleh dr. Hendrikus MB Bolly, M.Si., SpBS., AIFO-K*

SKRINING MASSAL untuk deteksi dini dalam strategi epidemiologi kesehatan merupakan salah satu metode yang baik dalam usaha memutus mata rantai penularan Covid-19. Namun pertanyaan pokoknya, bagaimana sesungguhnya strategi ini bisa terlaksana di tengah tantangan ketersediaan fasilitas skrining yang masih minim? Apakah sudah cukup dengan uji cepat (rapid test)? Ataukah semua orang  harus diuji cepat? Lalu, seberapa besar anggaran  sumber daya manusia yang diperlukan?

Epdemiologi Molekuler bukanlah ilmu baru (sudah seak 1973), namun baru saja diperkenalkan dan disasar perannya  kembali di dunia kedokteran  dalam 10-15  tahun terakhir. Bidang kajian ini mempelajari pola transmisi suatu penyakit infeksi berdasarkan penanda molekuler spesifik pada populasi masyarakat tertentu.

Dalam konteks strategi melawan Covid-19, maka kajian ilmu ini menjadi tepat konteks dan tepat sasaran. Keputusan intevensi epidemiologi ke masyaraat berangkat dari data molekuler pola siklus hidup agent penyebab infeksi. Biologi molekuler akan megidentifikasi pola distribusi  pathogen dan menjadi dasar intervensi epidemiologi ke masyarakat. Bidang kajian ini juga berperan dalam pemilihan penanda biologis diagnostik, validasi alat dan metode, penelitian sampai dengan mempelajari interaksi genetik-lingkungan.

RT PCR Sebagai Pemeriksaan Definitif

Merujuk pada panduan badan kesehatan dunia (WHO), maka diagnosa definitif  Covid-19 hanya diperoleh dari hasil pemeriksaan molekuler untuk memastikan keberadaan materi genetik (DNA atau RNA) virus di dalam tubuh manusia. Sejauh ini, Polymerase chain reaction (PCR) adalah metode terbaik yang di sarankan untuk penegakan diagnosa.  SARS-Cov2 adalah virus penyebab Covid-19 yang hanya memiliki materi genetik RNA, dimana virus ini harus berada di dalam sel sehat untuk dapat bermultiplikasi dan survive hidup. Sekali berada dalam sel, maka virus RNA ini akan menggunakan materi genetiknya untuk mengambil alih dan melakukan re-program siklus hidup sel normal menjadi pabrik untuk hidup virus itu sendiri.

Sesuai karakteristik alami virus corona yang memiliki materi genetik RNA ini, maka penggunaan real time PCR (RT-PCR) menjadi metode penting untuk mendeteksi keberadaan virus dari bahan pemeriksaan tubuh manusia. Mengapa demikian? Karena para ahli harus mengubah RNA (rantai tunggal) menjadi DNA (rantai ganda).

Proses ini sebenarnya dikenal sebagai “transkripsi balik”. Hal ini harus dilakukan karena hanya dalam bentuk DNA, maka proses “mengkopi” dan memperbanyak materi genetik ini, dapat berlangsung dan terdetesi pada alat pemeriksaan. Prinsip dasar ini merupakan kunci diperlukannya RT-PCR untuk mendeteksi keberadaan virus.

Bahan pemeriksaan seperti cairan hidung/swab hidung maupun tenggorokan, atau sputum dimana diduga merupakan tempat berkumpulnya virus ini harus dipreparasi khusus. Diperlukan cairan kimia yang mampu menghilangkan substansi lain seperti protein atau lemak dan hanya mengekstraksi keberadaan RNA virus dalam sampel tadi.

Ekstrak yang diperoleh ini merupakan campuran materi genetik manusia dan jika ada, maka terdapat juga RNA virus corona (SARS Cov-2). Proses selanjutnya adalah menggunakan enzim tertentu untuk mentranskripsi kembali ke DNA (RNAàDNA). Lalu kemudian ditambahkan suatu fragment pendek DNA yang merupakan susunan genetik pelengkap fragment yang berasal dari virus, khusus untuk RT PCR ditambahkan juga senyawa penanda atau pewarna yang akan mendeteksi keberadaan untai ganda virus Corona.

Semua campuran di atas, akhirnya dimasukan dalam mesin RT-PCR. Mesin ini akan memperbanyak untai-untai tadi  secara logaritmik, hingga akhirnya secara elektronik dapat dibaca keberadaan materi genetik virus tersebut. Paling tidak, diperlukan sekitar 35 siklus, yang artinya diakhir proses tadi akan menghasilkan sekitar 35 milyar kopi terbaru DNA virus dari satu untai materi genetik virus.

Keberadaan materi genetik virus yang sudah ditandai fluorosence sebagai pewarna tadi, akan terbaca di layar mesin PCR dan menyajikan data secara “real time” (rujukan menunjukan 10-20 menit) untuk dapat disimpulkan, ada tidaknya virus yang terdeteksi melalui kopi materi genetiknya. Pada saat yang sama, para pakar yang memeriksa akan menghitung, berapa banyak siklus yang terbentuk hingga memberikan hasil positif. Hal ini penting untuk pemprediksi tingkat keparahan infeksi itu sendiri. Secara sederhana, semakin sedikit siklus yang diperlukan untuk memberi hasil positif, maka kondisi infeksi virus tersebut makin berat.

Mengapa harus menggunakan RT PCR? Ini adalah pertanyaan yang sangat penting.  Sejauh ini, hanya RT PCR yang memiliki sensitivitas dan spesifitas diagnostic yang paling tinggi. Dengan menggunakan PCR konvensional (non Real time), diperlukan waktu operasional sekitar 6-8 jam untuk satu kali pemeriksaan.  Di samping itu, ia memerlukan alat tambahan (elektroforesis) untuk mendeteksi keberadaan materi genetic virus.

Alasan lainnya adalah metode pemeriksaan dengan RT PCR ini memiliki angka kontaminan yang jauh lebih rendah dibanding dengan metode lain. Satu-satunya kekurangan RT PCR adalah alat ini tidak mampu mendeteksi infeksi masa lampau, meskipun kondisi tersebut sangat penting untuk memahami perkembangan dan penyebaran virus itu sendiri.

Dengan demikian, dapat kita pahami bahwa pemeriksaan RT PCR untuk diagnostic virus korona ini memiliki kelebihan dalam akurasi diagnostik, mampu menghitung populasi virus (metode lain hanya mendeteksi keberadaan virus), menghitung batas minimal inoculum sehingga sangat bermanfaat untuk studi epidemiologi dan evaluasi efikasi sebuah metode dalam rangka pencegahan penyebaran virus. Maka sekali lagi, jurus sains molekuler–epidemiologi ini menjadi sangat penting saat ini.

Gabungkan Strategi Molekuler dan Eopidemiologi

Operasional alat RT PCR bukanlah tanpa batas, meski efektifitas pengoperasian alat mulai dari sampel masuk ke mesin dan mengeluarkan hasil memiliki rerata sekitar <2 0 menit. Namun yang harus diperhitungkan juga adalah waktu pengambilan sampel, preparasi awal, dan pengolahan limbah alat dan material hasil pemeriksaan. RT PCR bukanlah alat yang tergolong mobile. Diperlukan ruangan khusus dan operator ahli yang telah di latih dengan baik.

RT PCR adalah alat dengan istalasi khusus dan terformat komputerisasi.  Perlu dipahami juga bahwa preparasi sampel awal yang berasal dari pasien dan dikumpulkan dalam media transport (VTM, Viral  Transport Media) hanya boleh dibuka di kabinet yang biosafetynya terjamin. Hal ini penting diketahui oleh masyarakat sehingga tidak salah persepsi terhadap kebijakan strategis dalam pengendalian wabah virus ini dari segi pemeriksaannya.

Sebagai gambaran, 1 mesin RT-PCR dalam waktu 3 jam dapat meghasilkan 96 data, sehingga dalam 1 hari, dari 1 mesin RT PCR mampu menghasilkan setidaknya 768 data (768 sampel pasien). Namun yang menjadi masalah adalah pada tahapan ekstraksi sampel. Rata-rata, 1 petugas yang memegang sampel sampai dengan ekstraksi hanya mampu menghasilkan sekitar 24 sampel dalam 3 jam. Karena itu, jika bekerja dalam waktu 9 jam, seorang petugas hanya mampu menghasilkan 72 bahan baku yang siap masuk ke mesin RT PCR.

Jika 1 laboratorium  pusat diagnostic memiliki 2 mesin RT PCR dengan kemampuan  pemeriksaan mencapai 1536 sampel, maka tidak akan terkejar dengan jumlah preparasi ekstraksi sampel yang hanya 720 bahan baku jika memperkerjakan 10 tenaga ekstraktor. Tantangan keterlambatan lainnya adalah, seringkali sampel dikirim dalam VTM yang berbeda-beda sehingga menyulitkan dalam pengelolaan ekstraksi awal yang harus spesifik sesuai dengan jenis VTM tadi.

Pada bagian ini maka keputusan memilih reagent preparasi sampel, jenis VTM dan reagent deteksi virus harus seragam di seluruh wilayah yang akan melakukan skrining massal. Hal ini terkait teknis pengadaan barang oleh instansi terkait yang berkepentingan. Jangan sampai terjadi ketidakseragaman yang akan berdampak pada keterlambatan skrining diagnostik, yang pada akhirnya berdampak pada keterlamabatan pengelolaan pasien atau pengendalian infeksi di masyarakat.

Hal lainnya yang juga harus diperhatikan adalah, jumlah fasilitas yang diijinkan untuk melakukan pemeriksaan dan memiliki fasilitas lengkap pemeriksaan molekuler tadi.  Belajar dari negara maju seperti di USA, untuk mendongkrak kemampuan jumlah skrining, pemberdayaan komponen universitas dengan fasilitas laboratorium memadai dengan keberadaan tenaga teknis ahli diperlukan.

Dapat dibayangkan beberapa tantangan teknis yang harus dihadapi meski tenaga pakar bekerja dengan alat yang super canggih dalam mendeteksi keberadaan virus. Dalam konteks ini maka diperlukan kebijakan regulasi yang bisa mengijinkan pihak universitas atau fakultas kesehatan terkait untuk dapat berpartisipasi dalam pelaksanaan skrining massal. Hal ini juga akan terkait dengan pangaturan pengadaan reagent pemeriksaan, yang tentu memerlukan proses kebijakan pengadaan massal juga.

Dengan demikian, strategi skrining massal tidak hanya perlu memperhitungkan unit pembiayaan yang harus dikeluarkan, namun juga memperhitungkan ketersediaan sumber daya manusia yang bekerja di belakang layar menggunakan fasilitas yang memedai dalam melakukan pemeriksaan super canggih nan akurat ini.

Dari Mana Memulainya?

Tentu memerlukan waktu pun untuk mempersiapkan tenaga pemeriksa yang cekatan dan handal. Diperlukan juga pelatihan khusus untuk dapat melakukan tahapan pemeriksaan  RT PCR ini, mulai dari tenaga kesehatan pengambil bahan pemeriksaan (swab hidung, tenggorokan atau sputum), tenaga pengirim, tenaga ekstraktor dan preparasi material uji sebelum masuk mesin RT PCR. Aspek teknis praktis tapi penting juga harus diperhatikan, berapa lama tenaga ekstraktor tadi harus memakai APD yang mumpuni dan bekerja menangani sampel infeksius tersebut?

Semua hal ini harus diperhitungkan dengan matang dan akurat. Keterbatasan yang muncul  harus diakali demi menyelamatkan umat manusia. Tetap dalam konteks pengendalian epidemiologi berdasarkan data molekuler, maka strategi skrining massal harus diatur-tetapkan, sehingga tidak terjadi overload proses pengelolaan sampel pemeriksaan dan keterlambatan intervensi pasien dan masyarakat.

Penulis mengajukan tahapan strategi skrining massal molekuler sebagai berikut:

Pertama, Skrining Massal Inisial. Target utama tahap ini adalah melakukan pemeriksaan definitif pasien yang tergolong Pasien Dalam Pengawasan (PDP). Pada tahap ini, hasil RT PCR akan menyajikan data awal terkait etiologi definitif, virus load yang ada pada pasien PDP dan disertai dengan data klinis yang ada pada pasien PDP terutama. Berangkat dari data ini, pakar epidemiologi secara cepat membuat keputusan strategis intervensi diagnostic skrining massal untuk tahap berikutnya. Data yang diperoleh tentu akan dihubungkan dengan pola epidemik nasional dan epidemik dunia; dan pertimbangan asek sosial demografis dan geografis yang ada di Papua.

Kedua, Skrining Massal Cluster Target. Siapa mereka? Mereka adalah keluarga dekat PDP, orang atau masyarakat yang kontak dengan PDP sebelumnya (tetangga, anggota perkumpulan organisasi atau lainnya yang sama dengan PDP). Setelah tahapan ini, maka keputusan intervensi dan target berikut yang diperiksa adalah berdasarkan pola dan kuantifikasi virus yang dihasilkan data molekuler. Mungkin pada tahapan ini, PDP akan bertambah sekaligus ODP juga akan bertambah. Data pada tahap ini akan mensasar cluster masyarakat berikut yang harus di skrining molekuler definitif.

Ketiga, Skrining di Fasilitas Kesehatan. Di bagian ini, individu dengan gejala awal yang jelas mengarah ke diagnose klinis Covid-19 wajib dilanjutkan dengan peeriksaan RT PCR. Pemilihan pasien sesuai dengan keputusan klinis dokter yang memeriksa. Jika individu mengalami gejala klinis awal mulai dari demam (suhu tubuh >37.8oC), menderita lebih dari 1 gejala gangguan pernapasan (Batuk kering, sesak napas, nyeri tenggorokan), dengan faktor risiko tambahan adalah usia >44 tahun; berjenis kelamin laki-laki; disertai dengan riwayat kontak pasien PDP atau berasal dari daerah zona “merah” COVid -19 harus disarankan untuk pemeriksaan RT PCR.

Keempat, Tahap Skrining Cluster Komunitas. Pada tahap ini masyarakat diskrining sesuai dengan cluster target, misalnya berdasarkan usia (anak-anak dan lansia), tempat tinggal berkomunitas (asrama, panti social dll) serta masyarakat dengan faktor risiko mayor rentan Covid-19 (penderita hipertensi, diabetes, sindrom metabolic). Pada bagian ini dapat dilakukan uji cepat (rapid test) atau jika fasilitas memadai, bisa langsung ke  pemeriksaan RT PCR. Pada tahap ini juga dapat dilakukan uji tapis pada masyarakat yang baru pulang dari perjalanan dari daerah lain (terutama daerah zona merah di Indonesia) yang masuk melalui bandara udara maupun pelabuhan laut.

Kelima, Tahap Skrining Massal Skala Luas. Pada tahap ini semua masyarakat tanpa kecuali diperiksa dengan uji cepat atau RT PCR (jika memungkinkan).

Berjalan paralel dengan semua tahapan strategi di atas, maka  social and physical distancing tetap menjadi pilihan paling murah meriah dan aman. Anjuran tinggal di rumah saja (stay at home), tetap menjadi penting sebagai langkah preventif berskala super besar, yang harus dilakukan untuk berperan dalam meredakan wabah ini secepat mungkin. Semoga badai ini cepat berlalu. Jaga diri dan jaga kita semua!

*Penulis Adalah Dosen Fakultas Kedokteran Universitas Cenderawasih

Facebook Comments Box

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *